Charles Théodore Malherbe (* 21. April 1853 in Paris; † 5. Oktober 1911 in Cormeilles) war ein französischer Musikwissenschaftler und Komponist.
Der Enkel des Malers Charles Mozin studierte Jura. Er war Mitarbeiter verschiedener musikalischer Zeitschriften. Mit Albert Soubies veröffentlichte er 1892–93 die Histoire de l’Opéra-Comique: la seconde salle Favart. 1899 wurde er Archivar und Bibliothekar der Pariser Oper. Er besaß eine Autographensammlung, die unter anderem
Bach-Kantaten, Stücke von
Beethoven und
Berlioz'
Symphonie fantastique enthielt.
Malherbe komponierte Klavier- und Orgelwerke, Lieder, Kammermusik und drei Opern.